秦岭天竺山生态文化旅游景区记录国家Ⅰ级重点保护野生动物4种、景区内有国家珍稀濒危和重点保护野生植物19种，Ⅱ级27种，其中兽类含Ⅰ级2种、Ⅱ级8种，鸟类含Ⅰ级2种、Ⅱ级18种，陕西省地方重点保护植物10种，500余种地道药材。

还分布有陕西省重点保护动物50余种。代表性物种包括国家Ⅰ级保护动物林麝、金雕，国家Ⅱ级保护动物红腹锦鸡（中国特有鸟类），以及岩松鼠、甘肃绒鼠、小麂、复齿鼯鼠等中国特有兽类。